آیت الله حاج شیخ محمّد صدوقی فرزند میرزا ابوطالب بن میرزا محمّد رضا بن میرزا مهدی کرمانشاهی از عالمان برجسته دینی یزد در اوخر سده ۱۴ ش .
وی از نوادگان شیخ صدوق (م : ۳۸۱ق) بود و به همین دلیل به ((صدوقی)) شهرت یافت . جد اعلای او آیت الله محمّد مهدی کرمانشاهی عالمی بزرگ بود و در زمان فتحعلی شاه قاجار به یزد تبعید شد . همچنین پدرش میرزا ابوطالب و جدّش میرزا محمّدرضا کرمانشاهی نیز از عالمان دینی به شمار میرفتند. صدوقی در ۸ صفر ۱۳۲۷ ق برابر با ۱۲۸۴ ش در یزد متولّد شد . در کودکی پدر و مادر خود را از دست داد و تحت سرپرستی پسرعموی خود میرزا محمّد کرمانشاهی تربیت یافت . در حدود ۱۳ سالگی به تحصیل علوم دینی روی آورد و با ورود به مدرسه عبدالرّحیم خان مقدّمات ، منطق و بخشی از سطوح فقه و اصول را نزد حضرات آیات حجج اسلام سیّد علی محمّد کازرونی ، حاج شیخ غلامرضا فقیه خراسانی ، علی بمان ، و محمّد زارچی فرا گرفت . در سال ۱۳۴۸ ش برای ادامه تحصیل راهی اصفهان شد و در مدرسه چهارباغ (امام صادق علیه الاسلام ) سکنی گزید . امّا پس از یک سال به دلیل اوضاع نامساعد جوّی و سرمای شدید به یزد و از آنجا به قم عزیمت کرد. وی در آنجا دروس سطح و خارج فقه و اصول را در محضر آیات عظام : شیخ عبدالکریم حائری یزدی ، سیّد صدرالدّین صدر ، سیّد محمّد تقی خوانساری ، سیّد محمّد حجّت ، میرزا محمّد همدانی ، سیّد شهاب الدّین مرعشی نجفی و سیّد حسین بروجردی به پایان برد و به درجه اجتهاد نائل آمد. وی در حوزه علمیّه قم همزمان با تحصیل به تدریس لمعه ، وسائل ، مکاسب و کفایة پرداخت و به دلیل استعداد و حافظه سرشار و بیانی علمی و دقیق ، از حوزه درسی پر رونقی برخوردار گشت . بزرگانی چون حضرات آیات : علاّمه محمّد تقی جعفری ، شهید مرتضی مطهری ، شهید قدوسی ، شهید سیّد مصطفی خمینی ، محمّد فاضل لنکرانی، احمد جنتی ، مهدوی کنی و محمّدی گیلانی از جمله شاگردان او بودند .
آیت الله صدوقی در بدو ورود به قم ضمن آشنایی و برقراری روابط صمیمانه با امام خمینی مورد عنایت ویژه آیت الله العظمی حائری یزدی قرار گرفت و انجام برخی از امور حوزه از جمله مسائل مالی به وز واگذار گردید و این امر پس از درگذشت آیت الله حائری و در زمان آیات ثلاثه ( آیات عظام سیّد محمّد تقی خوانساری ، سیّد صدرالدّین صدر و سیّد محمّد حجّت ) ادامه یافت .
چندی بعد وی همراه با برخی دیگر از بزرگان به تهران رفت و با دعوت از آیت الله العظمی بروجردی برای اقامت در قم و سرپرستی حوزه ، به اتّفاق ایشان به قم عزیمت کرد . وی در این زمان علاوه بر مسئولیت های گذشته ، تولیّت مدارس را نیز پذیرفت .
آیت الله صدوقی سرانجام پس از ۲۱ سال اقامت در قم به دعوت بزرگان و مردم یزد و به دستور آیت الله العظمی بروجردی و توصیه امام خمینی به این شهر عزیمت کرد. وی در روز جمعه سوم بهمن ۱۳۳۰ش (۱۳۷۱ ق) در میان استقبال گرم و پر شور مردم واری یزد شد و به کار تدریس ، بازسازی مدارس علمیّه ، برگزاری مجالس وعظ و خطابه ، ترویج دین ،حل مشکلات مردم و اقامه نماز جماعت همّت گمارد و زعامت دینی و مرجعّیت امور شرعی را برعهده گرفت .